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為使享有過多租稅減免優惠之營利事業對國家財政能有基本貢獻，我國自95年起開始實施最低稅負制，因此，享有租稅減免優惠之營利事業，應注意申報所得基本稅額，以免遭到補稅及處罰。
國稅局表示，營利事業辦理所得稅結算申報，如有申報適用投資抵減稅額者，縱然沒有所得基本稅額條例第7條第1項規範之證券及期貨交易所得及合於獎勵規定之各項免稅所得等，仍然應該依規定申報所得基本稅額，若基本稅額大於一般所得稅額，則應就差額部分自行繳納基本稅額；營利事業如未依規定申報及繳納基本稅額，之後經國稅局查獲有應補徵之基本稅額時，營利事業無法透過申請更正減少投資抵減稅額，來減少所得基本稅額與一般稅額的差額，也就是說，營利事業除了必須補稅外，還會遭到處罰。
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