大陸地區海運業及航運業載客、貨的運輸收入依法可申請免稅北市國稅局：港澳地區的公司不適用
財政部臺北市國稅局昨（三十）日表示，依據香港及澳門地區法律設立登記的公司不屬於海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法規範的適格主體，所以申請適用海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法的船舶運送業及民用航空運輸業，除須備妥相關文件之外，還要注意本身是否為適格主體，以免誤用免稅規定。
依據海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法第３條規定，大陸地區船舶運送業在 民國九十七年十二月十五日 以後，從臺灣地區載運乘客、貨物進入大陸地區取得的運輸收入，其營業稅的稅率為零，其所得不用徵收營利事業所得稅；如果是大陸地區民用航空運輸業在 民國九十八年六月二十五日 以後，從臺灣地區載運乘客、貨物進入大陸地區取得的運輸收入，其營業稅稅率為零，其所得也免徵營利事業所得稅。
又依據海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法第２條規定，大陸地區船舶運送業及大陸地區民用航空運輸業，都是指依大陸地區法律設立登記的公司，依據臺灣地區與大陸地區海運直航許可管理辦法第３條第１項及臺灣地區與大陸地區空運直航許可管理辦法第８條第１項規定，從事於兩岸間海空運的船舶運送業者及民用航空運輸業者。
因此，如果是香港籍船舶運送業者委託代理人想要依海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法第３條規定免徵營利事業所得稅，因為該業者為香港籍公司，應依香港澳門關係條例第２９條第２項規定，就其在臺灣地區的來源所得，比照總機構在中華民國境外的營利事業，依所得稅法規定課徵所得稅，所以該香港籍業者並非兩岸海空運互免辦法適格主體。
又臺北市國稅局亦指出，大陸地區船舶運送業或民用航空運輸業有從臺灣地區載運乘客、貨物進入大陸地區取得的運輸收入，應該依海峽兩岸海運協議及空運補充協議稅收互免辦法第５條第１項但書、第３項規定，檢附相關證明、目的事業主管機關核可文件及其他相關文件，事先向給付人所在地之稅捐稽徵機關申請核准免徵營利事業所得稅，但是其在臺灣有固定營業場所或是營業代理人的話，得於辦理營利事業所得稅結算申報或申報納稅時併同申請，由稽徵機關核定其免徵之營利事業所得稅，而免於事先申請核准。
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