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依據財政部函釋規定，公司組織之營利事業適用所得稅法第39條規定，自本年度純益額中扣除前10年各期核定虧損者，應將各該期依同法第42條規定免計入所得額之投資收益，先行抵減各該期之核定虧損後，再以虧損之餘額，自本年度純益額中扣除。
最近查核99年度委託會計師簽證營利事業所得稅結算申報案件時，發現有些案件所申報之盈虧互抵餘額與該局核定數不符，究其原因，主要是公司未將虧損年度之投資收益先抵減虧損。
【舉例說明】
例如某公司98年度經核定虧損為8百萬元，其當年度尚有免計入所得額之投資收益2百萬元，則該公司98年度虧損得於以後年度適用盈虧互抵之金額應為6百萬元（即8百萬元減2百萬元），而非8百萬元。
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