財政部表示，各地區國稅局日前辦理99年度綜合所得稅結算申報核定補、退稅作業時，發現少數採用稅額試算服務完成申報案件，經國稅局核定後尚有應補、退稅款情形，經分析主要係扣（免）繳憑單及其他憑單申報人於100年1月底所申報之99年度所得憑單資料有遺漏或錯誤情形，致國稅局依該資料為納稅義務人試算之稅額並不正確，嗣經憑單申報人辦理補報或更正後，國稅局重新依正確所得資料核定稅額，通知納稅義務人補稅或退稅。
財政部舉例說明（如附表），國稅局去（100）年依憑單申報人1月底所申報之所得憑單資料，據以試算納稅義務人甲君99年度綜合所得稅結算申報應納稅額22,900元，減除扣繳稅額及可扣抵稅額合計數20,200元，應補繳2,700元。甲君採用稅額試算服務完成申報後，嗣憑單申報人辦理所得憑單補報甲君薪資所得30,000元（情況1），或更正增加股利可扣抵稅額1,800元（情況2），國稅局乃重新依正確資料計算稅額，通知甲君辦理補稅1,500元(情況1)或退稅1,800元（情況2）。如屬情況1有應補稅款者，補稅原因不可歸責甲君，國稅局並不會處罰。
財政部提醒，稅額試算服務係國稅局主動利用所蒐集之所得憑單及扣除額等資料，據以計算納稅義務人結算稅額，為提高所得憑單資料之完整性及正確性，國稅局今（101）年已加強輔導憑單申報人配合辦理，惟憑單申報人偶有疏誤，而所得及稅額相關資料之建檔及歸戶耗時，有建置資料截止期限等不可避免之情形，財政部籲請納稅義務人今年辦理100年度綜合所得稅結算申報時，如發現國稅局提供之稅額試算書表所載所得、扣繳稅額或可扣抵稅額資料不正確或有遺漏，亦請於法定申報期間自行依正確資料辦理結算申報。
財政部再次呼籲，憑單申報人申報之所得憑單資料如有錯誤或有漏未申報情形，請儘速向國稅局辦理更正或補申報，並請記得將更正後或補申報之所得憑單填發納稅義務人，以利其正確計算稅額。另為維護採用稅額試算服務措施完成申報之納稅義務人權益，倘憑單申報人所申報之所得憑單資料錯誤或逾期辦理申報，致稅額試算通知書所載之稅額不正確，國稅局將依正確資料核定正確應納稅額，通知納稅義務人補繳但不會處罰，如有應退稅額，亦將退還納稅義務人。
＜附表＞
甲君99年度綜合所得稅結算稅額：
情況1：憑單申報人漏報甲君薪資所得30,000元
情況2：憑單申報人更正甲君股利所得所含可扣抵稅額，由200元更正為2,000元，增加1,800元
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