財政部日前表示，從一百零一年度開始，醫療機構所聘僱的醫師在從事醫療及相關行政業務而獲致的勞務報酬，都屬於所得稅法第１４條第１項第３類規定所稱的薪資所得，而財政部９０年１２月２７日台財稅字第０９００４５７１４６號令則應同時廢止。
依據財政部１０１年１月２０日台財稅字第１００００４６１５８０號令的內容，私立醫療機構申請設立登記的負責醫師及聯合診所的個別開業醫師，有關執行業務收入減除成本及必要費用後的餘額，應該依照所得稅法第１４條第１項第２類執行業務所得的規定來進行課稅。執行業務所得額為執行業務者的業務或演技收入減除業務所房租或折舊、業務上使用器材設備的折舊及修理費，或收取代價提供顧客使用的藥品、材料等成本、業務上雇用人員的薪資、執行業務的旅費及其他直接必要費用後的餘額。
財政部表示，行政院衛生署過去就曾指出有關醫療機構與醫師之間應不具有駐診拆帳或合夥法律關係，而應該屬於僱傭關係。所以，從一百零一年度開始，公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構所聘僱並且已辦理執業登記的醫師從事醫療及相關行政業務的勞務報酬，也應該依照所得稅法第１４條第１項第３類薪資所得的規定來進行課稅。而薪資所得的計算，以在職務上或工作上取得的各種薪資收入為所得額，包括薪金、俸給、工資、津貼、歲費、獎金、紅利及各種補助費。
此外，司法院大法官釋字第６９６號解釋指出，所得稅法第１５條第１項有關夫妻非薪資所得強制合併計算，較單獨計算稅額，增加其稅負的部分，違反憲法第７條平等原則，應自該解釋的公布日（即 一月二十日 ）起至遲於屆滿二年時失其效力。財政部對此表示，調整綜合所得稅申報制度，影響的層面很廣，所以會本於該解釋意旨，在參酌各界意見後，通盤審慎研議調整後的新措施，不會讓婚姻關係的有無造成稅捐負擔的差別待遇，以達到租稅公平。
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