公司欲申報適用研發投資抵減者，請於投抵認定時間內向經濟部工業局申請研發活動之認定
產業創新條例自去年（99年）開始實施，其中有關租稅減免之項目，僅保留公司研究發展支出適用投資抵減乙項；現行產業創新條例下之研發投抵，與前促進產業升級條例時代的研發投抵相較，作業上最主要的差異在於，現行公司欲申報適用研發投抵者，須先向中央目的事業主管機關申請認定研發事實。
國稅局表示，依據公司研究發展支出適用投資抵減辦法第12條之規定，公司研發支出申請適用投抵者，應於辦理當年度營所稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日後1個月內，檢附相關證明文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合規定，經過中央目的事業主管機關認定核可後，始得適用投資抵減的獎勵。
一般使用曆年制會計年度公司，今（100）年5月即將申報的99年度營所稅為例，假如公司屬於製造業及其相關技術服務業，如有從事研發活動，並申報研發投抵者，自2月1日至6月30日可檢附相關證明文件，向經濟部工業局申請研發活動之認定，國稅局會參酌經濟部工業局所出具之認定意見，做為核定當年度營所稅研發投抵之依據；而非曆年制會計年度公司，98會計年度起迄期間跨越98年及99年之研究發展支出，可依經濟部工業局於100年2月11日發布解釋函令，應依支出發生時間分別適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例的規定。不過也有申請期限之限制，須在解釋令發布次日起2個月內檢附相關文件，向中央目的事業主管機關提出申請，即採用2月到8月制為會計年度的公司，如要申請投抵，須在今年4月11日前提出申請。至於9月制非曆年制營利事業的98年度投資抵減，因不列入解釋令適用範圍，根據投抵辦法第12條規定，申請期限到100年2月28日。
曆年制及非曆年制會計年度公司申請投抵認定時間分述如下：
99年產創條例研發事實認定申請期限表
會計年制產創條例研發投抵認定時間
曆年制（1月-12月）100年2月1日至6月30日前
非曆年制(2月至8月制)100年4月11日前
納稅義務人，98年度以前申請研發投抵僅需於每年度營所稅結算申報時提出即可，但產業創新條例及其相關子法規已有新的規定，除了辦理當年度結算申報應依規定格式填報外，還須另外向中央目的事業主管機關申請研發活動的認定，雙管齊下才可以。
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