營利事業辦理100年度營利事業所得稅暫繳稅額申報時，若以尚未抵減之各項投資抵減稅額抵減100年度應納暫繳稅額者，必須注意99年度按產業創新條例申請之投資抵減稅額不得抵減應納暫繳稅額。
適用曆年制之營利事業於每年9月份辦理暫繳申報時，應按上年度結算營利事業所得稅應納稅額之二分之一計算應納暫繳稅額，如稅額在新臺幣2,000元以下，則免予繳納並免予申報，另使用藍色申報書或經會計師查核簽證試算暫繳之公司，並如期辦理暫繳申報者，亦得選擇以當年度前6個月之營業收入總額，試算其前半年之營利事業所得額，按當年度稅率計算應納暫繳稅額辦理暫繳申報。
暫繳稅額繳納方式得以現金繳納或以行政救濟留抵稅額、尚未抵減之扣繳稅款及尚未抵減之各項投資抵減稅額抵減暫繳稅額。所稱尚未抵減之各項投資抵減稅額，應排除依產業創新條例適用公司研究發展支出之投資抵減稅額，由於產業創新條例規定之可抵減稅額僅能抵減「當年度」之應納營利事業所得稅，公司於辦理100年度暫繳申報時，不得以99年度按產業創新條例申請之投資抵減稅額抵減100年度之應納暫繳稅額
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