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綜合所得稅係採申報制，有所得即應申報，至於所得稅結算申報期間向稽徵機關查詢下載之所得資料，僅供申報時參考，納稅義務人對申報內容應盡審查核對之責，如尚有其他來源所得，仍應依法辦理申報，倘未依規定辦理申報，致有短報或漏報情事者，除依規定免罰者外，應依所得稅法相關規定處罰。
【舉例說明】
納稅義務人甲君，辦理98年度綜合所得稅結算申報時，曾至該局查調所得資料，並依國稅局提供之所得清單，申報綜合所得稅。嗣國稅局查獲，甲君漏報法院拍賣土地因而受償之利息所得170,000元及其他所得(違約金)1,200,000元，除補徵稅款，並按所漏稅額裁處罰鍰54,000元。甲君不服罰鍰處分，主張當年度至稽徵機關查調所得時，國稅局並未提供前揭漏報之所得，致未併入辦理綜合所得稅結算申報，實無逃漏稅捐意圖，請准予免罰，案經復查、訴願均遭駁回。
101年度綜合所得稅結算申報雖已結束，惟納稅義務人如有發現短漏報所得，仍可於稽徵機關查獲前，主動向所轄稽徵機關補申報並補繳稅款，以免受罰。
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