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證券交易所得既停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除財政部臺灣省南區國稅局表示，轄內納稅義務人 陳 君95年度綜合所得稅結算申報，列報出售上市公司股票之財產交易損失特別扣除額新臺幣（下同）800,000元，因未符合所得稅法規定，乃否准認列。 陳 君不服，主張股票交易虧損不得列報交易損失之規定並不合理為由，資為爭議。案經復查、訴願均遭駁回，提起行政訴訟，經高雄高等行政法院判決 陳 君敗訴並確定在案。
高雄高等行政法院判決指出，所得稅法規定之財產交易損失特別扣除額，為納稅義務人及其配偶、扶養親屬財產交易損失，其毎年度扣除額，以不超過當年度申報之財產交易之所得為限；當年度無財產交易所得可資扣除，或扣除不足者，得以以後3年度之財產交易所得扣除之。惟就證券交易損失部分，所得稅法第4條之1已明文規定，自79年1月1日起，因證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失亦不得自所得額中減除。是 陳 君主張其95年度出售上市公司股票共計損失800,000元，縱屬為真，惟該損失核屬證券交易損失之性質，依所得稅法第4條之1規定，自不得自所得額中扣除額，乃判決 陳 君敗訴。
國稅局進一步說明，因證券交易之所得目前停徵，相對之損失亦不得列報扣除，納稅義務人列報該項損失扣除額，國稅局將依法剔除補稅。

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