財政部核釋「促進產業升級條例」廢止後研究與發展支出投資抵減及其他租稅優惠措施於「產業創新條例」施行後過渡期間之課稅規定
財政部１０００３２３新聞稿
財政部表示，促進產業升級條例租稅減免措施施行至98年12月31日止，該條例嗣於99年5月12日經總統公布廢止。接續之產業創新條例於同日經 總統制定公布，依該條例第72條規定，研究發展支出投資抵減係自99年1月1日起施行。為保障公司依廢止前促進產業升級條例規定享有之租稅減免權益，該部爰於近日核釋促進產業升級條例廢止後研究與發展支出投資抵減及5年免徵營利事業所得稅優惠措施於產業創新條例施行後過渡期間之課稅規定。
財政部說明，該釋令可分為以下3部分：
一、公司適用廢止前促進產業升級條例第8條或第9條規定新興重要策略性產業租稅優惠，有關適用要件及選擇適用5年免稅者，其免稅所得計算公式之研究與發展支出金額之認定及審查：
依新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法第2條及第3條或新興重要策略性產業屬於農業部分獎勵辦法第2條規定，以「研究與發展支出金額」或「研究與發展支出占投資計畫實收資本額之比率」為適用要件者，相關研究與發展支出金額，關係新興重要策略性產業可否適用廢止前促進產業升級條例租稅獎勵（即股東投資抵減或其本身所得5年免稅擇一適用之優惠）。為符合信賴利益保護原則，財政部核釋99年1月1日以後，公司適用前述新興重要策略性產業相關獎勵辦法規定時，有關適用要件中之研究與發展支出，仍應以稅捐稽徵機關依廢止前促進產業升級條例第6條第4項訂定公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法核定之研究與發展支出金額為準；其選擇適用廢止前促進產業升級條例第9條規定免徵營利事業所得稅租稅獎勵者，於99年1月1日以後，適用新興重要策略性產業免徵營利事業所得稅免稅所得計算要點第8點及第17點規定免稅所得計算公式時，其研究與發展支出，亦同。
二、有關投資抵減限額之認定：
（一）公司依廢止前促進產業升級條例第6條規定以98年度及以前年度營利事業所得稅結算申報經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之該條第1項及第2項規定支出投資抵減稅額及依產業創新條例第10條規定之研究發展支出投資抵減稅額，抵減99年度及以後年度之營利事業所得稅額時，鑑於產業創新條例第10條規定之研究發展支出投資抵減並無後抵之規定，為保障公司權益，財政部爰核釋應先以該條規定之當年度研究發展支出投資抵減稅額抵減其應納稅額，以免公司未於當年度使用而失權。
（二）公司當年度如仍有應納稅額尚未抵減，再依廢止前促進產業升級條例第6條規定抵減前開經稅捐稽徵機關核定尚未抵減之投資抵減稅額。由於產業創新條例第10條研究發展支出投資抵減係延續廢止前促進產業升級條例第6條之規定，抵減總金額自應以當年度應納營利事業所得稅額之50％為限，但廢止前促進產業升級條例第6條規定之最後年度抵減稅額，不在此限。
三、特殊會計年度期間涵蓋98年及99年投資抵減稅額之計算：
（一）為符合租稅法律主義，公司採特殊會計年度，於辦理98年度營利事業所得稅結算申報時，應就屬於98年及99年之支出分別適用廢止前促進產業升級條例第6條及公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法、產業創新條例第10條及公司研究發展支出適用投資抵減辦法規定，其抵減限額，應以當年度應納營利事業所得稅額按50％及30％分別依公司適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例之期間占全年度之比例加權平均計算之。
（二）以12月制為例，98年12月1日至31日之研發支出，係適用廢止前促進產業升級條例之規定，99年1月1日至11月30日之創新研發支出，則適用產業創新條例之規定。其抵減上限金額，應以該公司當年度應納營利事業所得稅額按促進產業升級條例抵減上限之50％及產業創新條例抵減上限之30％分別依公司適用廢止前促進產業升級條例及產業創新條例之期間占全年度之比例加權平均計算。即其當年度研發支出抵減總額以不超過公司應納營利事業所得稅額之31.6％（50％×1÷12＋30％×11÷12）為限。
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