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國稅局表示：甲公司94至95年進貨未依規定取得合法憑證，卻取得非實際交易對象所開立之統一發票，充作進項憑證申報扣抵銷項稅額，國稅局依規定補徵營業稅877,451元及裁處罰鍰610,668元。甲公司不服，申請復查，未獲變更，提起訴願時，因加值型及非加值型營業稅法第51條第1項第5款於99年12月8 日修正公布（自100年2月1日施行），是有利於甲公司的法令變更，財政部乃將罰鍰的處分撤銷，責由國稅局另作處分；但甲公司仍不服，又提起撤銷訴訟，案經高雄高等行政法院判決駁回。
行政法院判決理由指出，按「人民因中央或地方機關之違法行政處分，認為損害其權利或法律上之利益，…得向高等行政法院提起撤銷訴訟。」為行政訴訟法第4條第1項所規定。人民要提起撤銷訴訟，必須行政機關所作的行政處分有損害到人民的利益為先決條件，否則即屬欠缺權利保護要件。是行政處分被撤銷而不存在時，若無損害其權利，自無提起行政訴訟之必要。本件甲公司訴請撤銷罰鍰610,668元的處分已經財政部訴願決定撤銷，並囑國稅局另為處分，嗣經國稅局作成重核復查決定，將罰鍰變更為305,334元，所以甲公司應就國稅局重核復查決定的罰鍰305,334元提起行政救濟，其權利才能獲得救濟。因甲公司係對遭撤銷的原罰鍰處分610,668元，提起撤銷訴訟，經審酌並無訴之利益，所以判決甲公司敗訴。
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