國稅局表示，藥商對於買受人為藥局時，因藥局具有執行業務者及營業人之雙重身份，而無法判斷應開立何種統一發票滋生疑義，財政部遂於101年5月4日以台財稅字第10100540820號令釋，藥商銷售藥品與藥局，倘屬醫師處方藥品，核屬藥局執行調劑業務之進貨，藥商應依統一發票使用辦法第7條第1項第2款規定開立二聯式統一發票；倘屬醫師藥師藥劑生指示藥品、成藥及固有成方製劑或其他貨物，則應依同條項第1款規定開立三聯式統一發票。
國稅局說明，藥局除經營藥品調劑、供應業務外，倘兼營成藥、指示用藥及其他貨物銷售，同時具有執行業務者及營業人身分，除編配扣繳單位統一編號外，尚須辦理營業登記。藥局收入中，屬銷售藥品或其他貨物之收入，應依法課徵營業稅及營利事業所得稅；屬提供藥品調劑、供應之專業性勞務部分，則核屬主持藥師、藥劑生之執行業務所得，應依所得稅法相關規定報繳綜合所得稅，尚不因其辦理營業登記而否定其主持藥師、藥劑生執行業務者身份。
依據財政部87年6月18日台財稅第871947546號函規定，藥局經營藥品調劑、供應業務之收入，係指藥局依醫師處方箋從事調劑業務之收入及經調劑後藥品供應之收入。另依藥事法第8條第2項、第50條第1項及同法施行細則第3條規定，製劑分為醫師處方藥品、醫師藥師藥劑生指示藥品、成藥及固有成方製劑；醫師處方藥品，須由醫師處方或限由醫師使用；須由醫師處方之藥品，非經醫師處方，不得調劑供應。準此，藥局購買醫師處方藥品，應係為執行藥品調劑、供應等專業性業務而為之進貨，依規定不得逕自零售，藥商銷售該類藥品予藥局，應可認屬係銷售貨物與非營業人身分之執行業務者，得開立二聯式統一發票。至成藥、指示用藥或其他貨物部分，藥局銷售類此藥品或其他貨物之收入應依法課徵營業稅，其購入類此藥品或其他貨物應係屬其銷售貨物之進項，就藥商而言，則屬銷售貨物與營業人，應開立三聯式統一發票，藥局支付之進項稅額並得扣抵其銷項稅額。
此外，依藥品查驗登記審查準則第20條規定，藥品之標籤、仿單、包裝應符合藥事法第75條規定，依中央衛生主管機關核准事項刊載，藥品類別亦為其中一項，且為查驗登記事項之一，是以，藥商銷售藥品予藥局，可依上開所敘區分藥品類別。
藥商應依上開財政部101年5月4日令釋開立統一發票交付藥局，若營業人銷售貨物或勞務與營業人，未依規定開立三聯式統一發票，而開立二聯式統一發票，稽徵機關將依營業稅法第四十八條規定處罰。
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