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營利事業當年度申報之免稅所得如屬所得基本稅額條例施行( 95年1月1日 )後，始依中央目的事業主管機關核准投資計畫而取得免稅資格者，因其非屬同條例第16條規定免予計入營利事業基本所得額之情形，應依同條例第7條規定計算基本所得額並辦理申報，倘漏未計算基本所得額並申報及繳納基本稅額，即構成該條例第15條第2項規定之違章情事。
所得基本稅額條例施行時，為維持租稅安定，考量給予已取得投資計畫核准函之企業合理緩衝期，所以於該條例第16條訂定緩衝規定，但若未符合該規定者，仍應計入營利事業基本所得額並申報納稅。
【舉例說明】
A公司99年度營利事業所得稅結算申報列報免稅所得160萬元，且未申報繳納所得基本稅額，經進一步查核投資計畫完成證明，發現其屬98年度申請之投資計畫，不符前揭免予計入基本所得額規定。因A公司未依規定辦理所得基本稅額申報及繳納基本稅額，而遭補稅及裁處罰鍰。
辦理營利事業所得稅結算申報時，如有申報免稅所得，應記得審視該免稅所得係屬應計入或免予計入基本所得額，避免因漏未辦理所得基本稅額申報而遭補稅處罰。
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